cds怎么拿到

获取CDS（Coding Sequence）的方法主要有以下几种：

从表达量高的组织或细胞提取RNA并反转录成cDNA

根据NCBI或ensembl的CDS序列ATG开始拉20bp左右的上游引物，3端同样拉20bp左右并包含终止密码子。

利用高保真酶（如TAKARA GXL）进行硬扩，并通过电泳查看条带大小是否近似。

如果条带近似，则进行TA克隆并送桑格测序，确认碱基完全正确后继续后续试验。如有部分碱基不正确，先通过BLAST确认是否为SNP或不同转录本，再考虑利用同源重组的方式进行修复。

在5'和3'UTR区域设计引物进行PCR

如果第一种方法没有扩增出目的近似大小的条带，可以在CDS上下游200-400bp左右设计引物进行第一次PCR。

然后利用方法1中的全长引物进行巢式PCR富集，后续步骤与方法1相同。

直接送公司进行序列合成

设计序列时，可以采用两种方法：

前后酶切位点加上中间的CDS序列，产物回来后进行酶切连接。

前后酶切位点加上中间CDS序列，产物回来后利用带同源臂的全长引物扩增一次，回收后与载体骨架进行同源重组。

使用NCBI的BLAST工具

进行CDS分析时，首先要有一段氨基酸序列（基因序列要转换成氨基酸序列）。

在NCBI首页上点击BLAST，进入BLAST页面，在Specialized BLAST里的第三个链接（Find conserved domains in your sequence （cds））进行CDS分析。

输入氨基酸序列后，会显示相应的结果。在search栏输入基因名字，会反馈出很多序列，找到想要的物种后，查看序列上传信息，确认是否是CDS。

在UCSC Genome Browser中查找

推荐使用UCSC GBrowser，通过输入基因名称可以快速找到相应的CDS序列。

UCSC GBrowser中的features和annotation会详细标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字。

建议

选择合适的方法：根据具体需求和实验条件选择最合适的方法获取CDS序列。

验证序列准确性：通过多种方法验证获取的CDS序列的准确性，包括测序和比对。

注意引物设计：引物设计是获取CDS序列的关键步骤，需要仔细考虑引物的长度和退火温度，以确保扩增的特异性和效率。